Litologia
Na terenie rezerwatu wyróżnia się pięć odmian litologicznych tj.: nefelinit (bazalty), brekcję tufowo-lawową, wapienie, margle, piaskowce. Skały te różnią się między sobą sposobem powstania jak i składem mineralnym. Ze względu na pochodzenie można je podzielić na: osadowe (wapienie, margle i piaskowce) oraz wulkaniczne (nefelinit, brekcja tufowo-lawowa).
Nefelinit - charakteryzuje się dużą twardością, masywną teksturą, strukturą porfirową. W ciemnej masie skalnej występują kryształy oliwinu i piroksenu. Wiek: oligocen.
Brekcja tufowo-lawowa - złożona jest z ostrokrawędzistych bloków nefelinitu (do 20 cm) oraz ze znacznie rzadszych wrzecionowatych bomb i lapilli z widocznymi pęcherzykami pogazowymi. Bloki i bomby tkwią w drobniejszym materiale piroklastycznym składającym się mz piasków i pyłów wulkanicznych. W brekcji występują też nieliczne okruchy skał osadowych, zwłaszcza kredowych.
Wiek: oligocen - miocen.
Wapienie - skała barwy kremowej, zbudowane z węglanu wapnia i obumarłych szczątków organicznych. Wiek: środkowy trias.
Margle - skała ta podobnie jak wapienie zbudowana jest z węglanu wapnia oraz obumarłych szczątków organicznych. Elementem odróżniającym od wapieni jest ich barwa (biała) i zawartość w niej minerałów ilastych, które powodują jej dobrą oddzielność.
Wiek: późna kreda.
Piaskowce - zbudowane są z średnioziarnistego piasku kwarcowego o spoiwie ilastym. Dość licznie występuje: glaukonit i muskowit, rzadziej skaleń.
Wiek: późna kreda.
W spękaniach nefelinitu i brekcji tufowo-lawowej występują również: trydymit, krzemionka i kalcyt. Ich obecność świadczy o powulkanicznej działalności gorących roztworów hydrotermalnych. Dodatkowo przejawem wulkanizmu na Górze Św. Anny jest występowanie jaspisu. Znaleziony on zosta w części rezerwatu przyrody “Góra Św. Anny, czyli działce znajdującej się nieopodal stanowiska nefelinitu.